Viti 1999 do të shënonte aventurën e re ruse në Ballkan, që për pak nuk çoi në fillimin e një konflikti tjetër në shkallë të gjerë apo një lufte të re. Pas marrëveshjes së Kumanovës dhe largimit të forcave serbe nga Kosova, forcat ruse nuk kishin pritur asnjë sekondë, për të hyrë dhe marrë Aeroportin e Prishtinës para se forcat e NATO-s të arrinin aty.

Ata kishin bllokuar aeroportin pa ndonjë marrëveshje me NATO-n. Koloneli Sergei Pavlov komandoi batalionin e ushtarëve rusë që morën nën kontroll aeroportin e Prishtinës. Kolona e ushtarëve rusë u nis nga Republika Srpska në Bosnjë, më 11 qershor  të vitit 1999. Serbët lokalë hidhnin lule mbi tanket ruse. Ishin më pak se 200 ushtarë, kolona e të cilëve mbërriti në Prishtinë në orën dy të mëngjesit të datës 12 qershor 1999. Parashutistët rusë morën kontrollin e aeroportit dhe u përgatitën për ardhjen e trupave të NATO-s, të cilët ishin tashmë rrugës për në aeroport.

Rreth orës 11:00 të paradites së asaj dite, tanket britanike filluan të mbërrinin në Sllatinë dhe u ndalën para tankeve ruse. Tanket u shoqëruan nga helikopterë, të cilët u përpoqën disa herë të vendoseshin në aeroport. Gjenerali amerikan Wesley Clark, komandant i forcave të NATO-s në Evropë, dha urdhrin që të ndërhynin dhe aeroporti i Sllatinës të merrej nën kontrollin e forcave të NATO-s.

Por britanikët refuzuan zbatimin e urdhrit, ndërkohë që Komandanti i paqeruajtësve të NATO-s, gjenerali Michael Jackson do të deklaronte më vonë se ballafaqimi me rusët në aeroport mund të fillonte luftën e tretë botërore. Pas negociatave disa-ditore në Helsinki, rusët pranuan të tërhiqeshin dhe NATO-ja mori kontrollin e aeroportit. Dukej sikur aventura ruse kishte marrë fund me kaq, por rusët ia dolën me sukses që ta detyronin NATO-n t’i përfshinte si pjesë e KFOR-it.

“Është rënë dakord nga Sekretari i Mbrojtjes i Shteteve të Bashkuara dhe Ministri i Mbrojtjes i Federatës Ruse: Të pranojë pParimet e dakorduara të bashkangjitura si bazë për pjesëmarrjen ruse në forcën paqeruajtëse ndërkombëtare (KFOR) në përputhje të plotë me Rezolutën 1244 të KS të OKB-së.

Të sigurohet pjesëmarrja e një deri në dy batalioneve ruse që veprojnë në Kamenicë të Kosovës në sektorin e SHBA-së sipas modelit të komandës dhe kontrollit të bashkangjitur. Një oficer rus do të shërbejë si Përfaqësues pranë Komandantit të Sektorit për Forcat Ruse. Përveç kësaj, SHBA do të rekomandojë që NATO të pajtohet që forcat ruse të marrin pjesë gjithashtu në forcat e KFOR-it të dislokuara në sektorin gjerman dhe francez, gjithashtu sipas modelit të komandës dhe kontrollit, konkretisht që Rusia të sigurojë një deri në dy batalione për t’u pjesë e forcës së KFOR-it në sektorin gjerman, për të operuar në zonën afër Malishevës, dhe një batalion për forcën e KFOR-it në sektorin francez, për të operuar në zonën afër Lausa të dyja zonat siç tregohet në hartën e bashkangjitur.”

Më 17 qershor të vitit 2001, vetë Putin do të vizitonte Kosovën, do të shkonte në aeroportin e Sllatinës dhe do të dekoronte ushtarët rusë që qëndronin aty.

“Po bëhen përpjekje të vazhdueshme për të zbatuar idenë e krijimit të një “Shqipërie të Madhe”, një shtet që do të përfshinte të gjitha territoret e banuara nga shqiptarët.” 

Më 2 korrik të vitit 2003, më në fund, një ceremoni e mbajtur në Prishtinë, shënoi tërheqjen e kontingjentit ushtarak rus nga forca paqeruajtëse e udhëhequr nga NATO në Kosovë pas katër vitesh shërbimi.

Dy vjet më vonë, në vitin 2005, ministrat e Jashtëm të Grupit të Kontaktit, në të cilin bënte pjesë edhe ministri i jashtëm rus, Sergei Lavrov, do të binin dakord për tre parimet themelore për zgjidhjen e statusit final të Kosovës, nuk do të kishte kthim mbrapa para vitit 1999, nuk do të kishte ndarje Kosovës dhe nuk do të kishte bashkim të Kosovës me ndonjë vend tjetër, kuptohej që bëhej fjalë për Shqipërinë.

Gjatë nëntorit të atij viti, Lavrov kishte shkuar edhe një hap më tej. Më 7 nëntor 2005 viziton Kosovën dhe përveç takimit me kryeadministratorin e UNMIK-ut, Soren Jessen-Petersen, takohet edhe me presidentin Rugova, duke shënuar kështu një nga takimet e nivelit më të lartë midis Moskës dhe Prishtinës. Lavrov ishte takuar me presidentin Rugova në Presidencën e Kosovës. Lavrov I kishte deklaruar Rugovës se Rusia do të respektonte bisedimet për statusin të drejtuara nga Marti Ahtisaari dhe Albert Rohan.

Lavrov kishte marrë pjesë edhe në ceremoninë e hapjes së Zyrës Ndërlidhëse Ruse në Prishtinë, gjë që për rusët ishte një vendosje kontakti zyrtar me Prishtinën.  Lavrov shoqërohej në ceremoni nga kryeministri i atëhershëm I Kosovës, Bajram Kosumi dhe shefi i UNMIK-ut Soren Jesen Petersen.

Pas 16 vjetësh, zyra ruse u kthye në qendër të vëmendjes më 22 tetor kur presidentja e Kosovës, Vjosa Osmani, njoftoi shpalljen persona “non-grata” të dy diplomatëve rusë që punonin në këtë zyre. Dy diplomatët rusë, sipas informacioneve, kishin “cenuar sigurinë kombëtare dhe rendin kushtetues të Kosovës”.

Gjithsesi, vite më parë, dukej sikur ishte hera e parë që Kremlini po hapte një zyrë të tillë diplomatike në Kosovë, por jo. Misioni i parë diplomatik rus në Kosovë, një nën-konsullatë,  ishte hapur në Prizren në vitin 1866, kur Kosova ishte ende nën pushtimin osman. Dhe jo vetëm kaq, dy misione tjera konsullore ishin hapur në Vilajetin e Kosovës, një në Shkup në 1880 dhe një në Mitrovicë në vitin 1903.

Për t’iu rikthyer asaj që ndodhte para shpalljes së pavarësisë së Kosovës dhe qëndrimit të Moskës, Kremlini nuk kishte ndërmend t’i detyronte serbët të pranonin marrëveshjen.  Mbështetja ruse ishte e nevojshme edhe për votën e tyre në Këshillin e Sigurimit. Gjatë një takimi me liderët e Troikës evropiane në Sochi, Putin dukej të ishte shprehur i shokuar me qëndrimin e evropianëve ndaj marrëveshjes së propozuar nga Ahtisaari dhe Rohan. Planet e NATO-s për zgjerim drejt lindjes do t’i acaronin rusët edhe më shumë. Vetë Putin do ta bënte të qartë frustrimin rus në Konferencën e Sigurisë në shkurt të 2007 në Mynih duke deklaruar se Rusia nuk do të duronte më atë që ai e quante një poshtërim të mëtejshëm.

“Tani kemi të drejtë të pyesim: Kundër kujt drejtohet ky zgjerim (i NATO-s)? Dhe çfarë ndodhi me garancinë që na dhanë partnerët tanë perëndimorë  pas shkatërrimit të Traktatit të Varshavës?”

Pas fjalimit të Putin në Mynih, ishte e qartë se rusët do të votonin kundër në Këshillin e Sigurimit, nëse plani Ahtisaari do të paraqitej në të. Ambasadori austriak Wolfgang Petritsch do të qartësonte se “Kosova u bë viktima” e parë e politikës së re të jashtme ruse. Vetëm një vit pas Mynihut, NATO bëri publik në një samit në Bukuresht interesimin për të pranuar në Aleancë edhe Ukrainën dhe Gjeorgjinë. Kundër-përgjigja ruse nuk vonoi. Rusia marshoi kundër Gjeorgjisë në gusht të 2008 ndërsa në vitin 2014, Moska aneksoi Krimenë duke mbështetur separatistët në Ukrainën Lindore.

Kosova shpall pavarësinë në vitin 2008, por Rusia nuk e njeh shtetësinë e saj dhe kërcënon me veto për çdo aplikim të Kosovës për anëtarësim në OKB.

Kishte megjithatë ndryshime minore që nuk prodhonin ndonjë rezultat afatgjatë në marrëdhëniet midis Kosovës dhe Rusisë, nëse kishte pasur ndonjëherë të tilla. Në vitin 2018, presidenti I atëhershëm I Kosovës, Hashim Thaçi, dhe presidenti I Rusisë, Vladimir Putin, u takuan në Paris në margjinat e një takimi ndërkombëtar. U tha se Thaçi dhe Putin, folën për dialogun midis Kosovës dhe Serbisë që zhvillohej prej vitesh në Bruksel. U tha gjithashtu se Rusia do të ishte e gatshme ta mbështeste çdo marrëveshje përfundimtare, për të cilën do të binin dakord të dyja palët.

Por në vizitën e tij në Serbi më 18 qershor 2020, ministri i jashtëm rus Sergei Lavrov do të deklaronte se qëndrimi i Rusisë për zgjidhjen e Kosovës mbetet i pandryshuar.

“Sot e konfirmuam edhe një here, ne do të mbështesim çdo përpjekje, hap ose iniciativë që mund të ndihmojë realisht Beogradin dhe Prishtinën të arrijnë një vendim të zbatueshëm dhe reciprokisht të pranueshëm bazuar në Rezolutën 1244 të Këshillit të Sigurimit të OKB-së… Së pari dhe më e rëndësishmja, vendimi që të gjithë duam të arrijmë duhet të jetë në përputhje me ligjin ndërkombëtar dhe, natyrisht, të miratohet nga Këshilli i Sigurimit i OKB-së”.

Brenda Kosovës, ndikimi rus mbetet kryesisht I kufizuar tek serbët e Kosovës, duke penguar kështu shtrirjen e sovranitetit të plotë të Kosovës në të gjithë territorin e saj. Politika e jashtme ruse mbetet e pandryshuar në mbështetjen e Beogradit me të gjitha mjetet dhe mënyrat, duke mbrojtur kështu, aleatin më besnik që Moska ka në rajon.